Pada tahun 2003, Kerr berpacaran dengan broker kewangan Adrian Camilleri. Berikutan penyiasatan Suruhanjaya Sekuriti dan Pelaburan Australia, Camilleri didapati bersalah atas lima tuduhan tingkah laku penipuan dari Februari 2003 hingga Februari 2004. Laporan akhbar 2007 menyatakan bahawa Kerr menderita secara kewangan "setelah mengambil nasihat kewangan teman lelakinya" tetapi memilih untuk tidak mengambil tindakan undang-undang.[21]

Dari 2003 hingga pertengahan 2007, Kerr berpacaran dengan Jay Lyon (Brent Tuhtan), penyanyi utama band Tamarama. Kerr membintangi klip video Tamarama untuk lagu "Everything To Me".[22]

Kerr mula berpacaran dengan pelakon British Orlando Bloom pada lewat 2007.[23] Pada tahun 2009, sekumpulan pencuri yang dikenali sebagai Bling Ring memecah masuk ke rumah Bloom. Kumpulan itu mencuri pakaian jenama mewah dan barang kemas. Dalam kes ini, penyangak didakwa mahu pakaian dalam Victoria's Secret milik Kerr.[24] Kerr dan Bloom mengumumkan pertunangan mereka pada Jun 2010,[25] dan mereka berkahwin pada bulan berikutnya.[26] Kerr melahirkan anak lelakinya, Flynn Christopher Bloom,[27] pada 2011.[28][29][30] Pada Oktober 2013, Kerr dan Bloom mengumumkan bahawa mereka telah berpisah beberapa bulan lebih awal, dan berhasrat untuk menamatkan perkahwinan mereka.[31]

Pada tahun 2014, semasa wawancara dengan majalah GQ, Kerr membincangkan biseksual. "Saya menghargai kedua-dua lelaki dan wanita. Saya suka tubuh wanita dan benar-benar menghargai bentuk wanita. Saya mahu meneroka. Jangan pernah kata tidak!."[32]

Pada 2015, Kerr mula berpacaran dengan bilionair pengasas bersama/CEO Snapchat Evan Spiegel.[33] Pada 20 Julai 2016, Kerr mengumumkan pertunangannya dengan Spiegel,[34] dan mereka berkahwin pada 27 Mei 2017.[35] Pada bulan Julai 2017, beliau mendedahkan gambar dari majlis perkahwinannya dan memodelkan perkahwinan adat Diornya sempena Grace Kelly.[36]

Pada Jun 2017, Kerr menyerahkan $8 juta dalam perhiasan yang diberikan kepadanya oleh pembiaya Malaysia Jho Low pada tahun 2014 sebagai sebahagian daripada siasatan ke atas skandal 1Malaysia Development Berhad.[37]

Agama

Sebagai tindak balas kepada tuntutan bahawa Kerr adalah seorang penganut agama Buddha, beliau memberitahu The Telegraph, "Saya bukan beragama Buddha. Saya beragama Kristian. Saya berdoa setiap hari. Saya bermeditasi setiap hari dan saya melakukan yoga. Saya tidak begitu arif dalam soal berkaitan agama, Saya bersolat dan berdoa adalah sesuatu yang nenek saya mengajar saya juga. Untuk berdoa dan bersyukur, terima kasih, adalah satu perkara yang besar bagi saya."[38][39] Beliau kemudiannya memberitahu Into The Gloss:

Saya suka beribadat dan saya suka bermeditasi. Melakukan hanya tiga minit doa dan sekurang-kurangnya lima minit meditasi dua kali sehari menetapkan nada seperti anak panah supaya anda memukul sasaran anda. Apabila saya berdoa saya selalu berterima kasih kepada Ibu Alam untuk semua keindahan di dunia; Ini mengenai sikap bersyukur. Dan kemudian saya berdoa kepada Kristus untuk berkata, 'Terima kasih untuk hari ini dan keluarga saya dan kesihatan saya,' dan sekarang saya lebih tua saya telah menambah, 'Tolong menerangi saya. Sila buka chakra jantung saya. Buka aperture saya dan angkat kesedaran saya supaya saya dapat menjadi versi saya yang terbaik.'[40]

Beliau mengiktiraf meditasi, bercakap dengan rakan-rakan, dan menulis sebagai cara menangani cabaran seperti kematian teman lelakinya pada usia 15 tahun,[38] dan "menjadikan keutamaan untuk berdoa tentang memaafkan dirinya dan orang lain."[41]